Convergence Imaging Facility and Innovation Centre (CIFIC)
Versnellen van innovatie in biomedische beeldvorming en microscopie
Geavanceerde beeldvorming en microscopie zijn essentieel voor het begrijpen van complexe ziekten zoals kanker, neurologische aandoeningen, hartfalen en onvruchtbaarheid. Hoe beter onderzoekers cellen, weefsels en moleculaire processen kunnen waarnemen, hoe beter zij kunnen begrijpen hoe ziekten ontstaan en hoe behandelingen verbeterd kunnen worden. Tegelijkertijd bestaat er vaak een grote kloof tussen de ontwikkeling van nieuwe beeldvormingstechnologieën en de praktische toepassing ervan binnen biomedisch onderzoek en de zorg. Nieuwe microscopietechnieken doen er vaak jaren over om van prototype naar praktijktoepassing te gaan. Onderzoekers lopen daarnaast tegen uitdagingen aan bij het verbinden van beeldvormingstechnologie, sample preparation, data-analyse en klinische vraagstukken binnen één geïntegreerde workflow.
CIFIC wil helpen deze kloof te overbruggen. Binnen het Convergence Health & Technology Flagship CIFIC werken onderzoekers en innovatiepartners samen om de ontwikkeling, toepassing en implementatie van geavanceerde beeldvormingstechnieken in de biomedische wetenschap te versnellen. Door de samenwerking tussen TU Delft, Erasmus MC en Erasmus Universiteit Rotterdam bouwt CIFIC aan een convergent imaging ecosystem waarin technologieontwikkeling en biomedische toepassing elkaar continu versterken.
Waar het CIFIC Flagship aan werkt
CIFIC richt zich op het versnellen van zowel de ontwikkeling als het praktisch gebruik van geavanceerde bio-imaging- en microscopietechnologieën. Het Flagship combineert technologische innovatie met biomedische toepassingen en workflowontwikkeling, met als doel geavanceerde beeldvorming toegankelijker en beter toepasbaar te maken voor onderzoek en toekomstige zorgtoepassingen.
Een belangrijk onderdeel van het Flagship is de nauwe samenwerking tussen onderzoekers van TU Delft en Erasmus MC. Postdocs en projectteams werken interdisciplinair samen en verbinden imaging physics, engineering, biologie, geneeskunde, computationele analyse en implementatie-expertise. Ziektegerichte projecten richten zich onder andere op kanker, hartfalen, neurodevelopmentale en hematologische aandoeningen en onvruchtbaarheid.
CIFIC richt zich niet alleen op het ontwikkelen van nieuwe instrumenten, maar ook op de bredere imaging workflow daaromheen. Dit omvat onder andere: sample preparation, weefselpreservatie, staining procedures, beeldreconstructie, data-analyse, computationele algoritmen, en de integratie van meerdere microscopietechnieken binnen gekoppelde workflows. Het Flagship opereert binnen een verbonden ecosysteem met onder andere het Optical Imaging Centre (Erasmus MC), het Van Leeuwenhoek Laboratory for Advanced Imaging Research (TU Delft), onderzoekers van de drie instellingen en samenwerkingen met industriële partners. Deze structuur helpt de tijd tussen technologieontwikkeling, biomedische validatie en bredere toepassing te verkorten.
CIFIC draagt daarnaast bij aan nationale en internationale imaging infrastructuren en werkt samen met partners op het gebied van microscopie, imaging technologieën en biomedische innovatie. Het Flagship combineert infrastructuurontwikkeling, interdisciplinaire samenwerking, workflowinnovatie en open science om de volgende generatie biomedisch beeldvormingsonderzoek te ondersteunen.
Uitgelicht verhaal
Van prototype naar biomedische toepassing
 |
Hoe kunnen geavanceerde microscopietechnieken sneller de stap maken van technologische doorbraak naar echte biomedische toepassing? In dit verhaal legt CIFIC-lead Jacob Hoogenboom uit waarom nauwere samenwerking tussen ontwikkelaars van imaging technologie en biomedische onderzoekers essentieel is om innovatie te versnellen, workflows te verbeteren en de kloof tussen prototypeontwikkeling en praktische toepassing in zorg en onderzoek te overbruggen. Read the interview/story. |
Innovation highlights
FAST-EM workflowontwikkeling
CIFIC droeg bij aan de ontwikkeling van een complete sample-to-data workflow voor FAST-EM, een multibeam elektronenmicroscopiebenadering waarmee grootschalige beeldvorming met hoge resolutie op veel hogere snelheid mogelijk wordt. Het Flagship ontwikkelde onder andere sample preparation protocollen, beeldreconstructieworkflows en data-analysetools ter ondersteuning van biomedische toepassingen, bijvoorbeeld binnen hematologisch onderzoek.
ENZEL cryo-microscopieplatform
Onderzoekers binnen CIFIC droegen bij aan workflows en protocollen rondom de ENZEL cryo-microscoop, ontwikkeld samen met academische en industriële partners. Het werk ondersteunt fluorescence-targeted cryo-electron tomography en hielp de vertaalslag van technologische ontwikkeling naar bredere toepassing te versnellen.
Geïntegreerde imaging workflows
CIFIC richt zich niet alleen op nieuwe microscopen, maar op de volledige imaging workflow daaromheen. Dit omvat onder andere weefselpreparatie, staining procedures, beeldreconstructie, computationele analyse en de integratie van meerdere microscopietechnieken binnen gekoppelde workflows voor biomedisch onderzoek. Deze workflows worden momenteel toegepast en geoptimaliseerd binnen ziektegerichte imagingprojecten van Erasmus MC en TU Delft.
AI-ondersteunde beeldanalyse
Het Flagship ontwikkelt computationele tools en algoritmen voor grootschalige beeldverwerking en analyse. Voorbeelden zijn segmentatie- en reconstructietools die onderzoekers helpen complexe microscopiedatasets efficiënter te verwerken en geavanceerde beeldvorming beter toegankelijk te maken voor biomedische toepassingen.
Open imaging data en software
CIFIC ondersteunt actief open science door open-source imaging software, protocollen en datasets te ontwikkelen en beschikbaar te stellen. Verschillende computationele tools en workflows zijn inmiddels publiek toegankelijk om breder gebruik en reproduceerbaarheid van geavanceerde imagingmethoden te ondersteunen.
Flagship Nieuws: CIFIC
Policy & societal impact
CIFIC draagt bij aan het versterken van de Nederlandse en internationale biomedische imaging infrastructuur door de toepassing van geavanceerde microscopie binnen biomedisch onderzoek te versnellen. Het Flagship richt zich op het verkorten van de lange doorlooptijd tussen technologieontwikkeling en praktische toepassing door imaging hardware, sample preparation, computationele analyse en biomedische toepassingen binnen geïntegreerde workflows met elkaar te verbinden.
Daarnaast draagt het Flagship bij aan open science via open gedeelde protocollen, datasets, softwaretools en imaging workflows. Samenwerkingen met industriële partners ondersteunen tegelijkertijd de vertaalslag richting bredere implementatie en toekomstige commercialisering van imaging technologieën. Door geavanceerde beeldvorming toegankelijker te maken ondersteunt CIFIC onderzoek naar ziekten zoals kanker, neurodevelopmentale aandoeningen, hartfalen en onvruchtbaarheid, en helpt het onderzoekers ziekteprocessen beter te begrijpen op cellulair en moleculair niveau.
Partners & ecosysteem
CIFIC brengt onderzoekers, imaging faciliteiten en innovatiepartners samen vanuit TU Delft, Erasmus MC en Erasmus Universiteit Rotterdam. Een centrale rol wordt gespeeld door de samenwerking tussen het Optical Imaging Centre (Erasmus MC) en het Van Leeuwenhoek Laboratory for Advanced Imaging Research (TU Delft). Het Flagship werkt samen met nationale imaging infrastructuren zoals NL-BioImaging en NEMI, en breidt samenwerkingen uit met imaging centers en onderzoeksinstituten in Nederland en internationaal.
Daarnaast werkt CIFIC nauw samen met industriële en technologische partners waaronder Delmic, Thermo Fisher, Hitachi, Technolution en andere microscopie- en imagingbedrijven ter ondersteuning van workflowontwikkeling, co-development en toekomstige implementatie van imaging technologieën.
Onderwijs & talentontwikkeling
CIFIC draagt actief bij aan interdisciplinair onderwijs binnen Nanobiology, Molecular Medicine en biomedische beeldvorming via hands-on microscopiecursussen, imaging practicals en gezamenlijke studentenprojecten. Bachelor-, Master- en PhD-studenten werken direct mee aan imaging- en biomedische onderzoeksprojecten binnen het Flagship, vaak in interdisciplinaire teams waarin technologie en geneeskunde samenkomen. Daarnaast ondersteunt CIFIC traineeships en onderzoeksprojecten rondom geavanceerde microscopieworkflows, computationele imaging en biomedische toepassingen.
Vooruitblik
De komende jaren wil CIFIC de integratie tussen microscopietechnologie, biomedische toepassingen en workflowinnovatie verder versterken. Een belangrijk speerpunt is de verdere ontwikkeling en validatie van geïntegreerde imaging workflows waarin sample preparation, beeldvorming, computationele analyse en biomedische interpretatie samenkomen.
Daarnaast werkt het Flagship aan bredere implementatie en vertaalslag van imaging technologieën via samenwerkingen met industriële partners en nationale en internationale imaging infrastructuren. Toekomstige stappen omvatten onder andere het uitbreiden van samenwerkingen met imaging centers van andere UMC’s en het versterken van verbindingen met internationale imaging instituten en onderzoeksinfrastructuren.
Tegelijkertijd blijft CIFIC investeren in open science en onderwijs via gedeelde datasets, softwaretools, imaging protocollen en interdisciplinaire trainingsinitiatieven. Ook verkent het Flagship verdere mogelijkheden voor commercialisering, co-development en bredere toepassing van geavanceerde microscopietechnologieën binnen biomedische onderzoeksomgevingen.
